Notre société représente le tiers des médecins exerçant en station thermale avec la particularité, pour ses membres, d'être soit généralistes, soit spécialistes des 12 orientations reconnues de la crénothérapie. Sa fonction essentielle est de développer l'étude des eaux minérales et des climats sur la santé de l'être humain et de le faire savoir. À cette fin, elle dispose d'un bulletin annuel, la Presse thermale et climatique, qui recense tous ses travaux.
La société est gérée par un conseil d'administration élu pour 2 ans dont est issu le bureau.
Les Journées d'hydrologie, instituées en 2006, permettent de faire le point sur les travaux scientifiques de la discipline.

La Société d'hydrologie a un rôle moteur dans l'élaboration des protocoles d'évaluation de la médecine thermale en travaillant sur le service médical rendu par exemple, ou en précisant les indications, comme les contre-indications et non-indications, de la crénothérapie dans toutes les disciplines concernées au cours de réunions de consensus. Elle participe aux commissions officielles sur le thermalisme, à l'enseignement de la crénothérapie tant dans la formation initiale que continue du médecin et est l'interlocuteur scientifique privilégié de tous les partenaires du thermalisme. Elle entretient des relations avec ses homologues européens et mondiaux.

Sa bibliothèque est consultable à l'Académie nationale de médecine.